La macchia marrone di Alternaria è una delle malattie più importanti dei mandarini e dei loro ibridi in tutto il mondo. Recentemente, focolai nelle aree mediterranee relativi a cultivar suscettibili, hanno focalizzato nuovamente l'attenzione sulla malattia. Venti ceppi rappresentanti sono stati selezionati da una collezione di 180 isolati di Alternaria spp. da frutti e foglie di agrumi. Sono stati caratterizzati insieme a ceppi di riferimento di Alternaria spp. Caratteristiche micro e macroscopiche separano la maggior parte di Alternaria in sei morfotipi riferibili ad A. alternata (5) e A. arborescens (1). Le analisi filogenetiche, basate sul gene dell'endopoligalatturonasi (endopg) e (ITS), hanno confermato questo risultato. Inoltre, una filogenesi a cinque geni tra cui due regioni genomiche anonime (OPA 1–3 e OPA 2–1) e il gene della beta-tubulina (ßtub), hanno prodotto un ulteriore raggruppamento di A. alternata in tre clade. Questa analisi ha suggerito l'esistenza di variabilità molecolare intra-specie. Gli isolati studiati hanno mostrato differenze livelli di virulenza su foglie e frutti. In particolare, sembra esserlo la patogenicità sui frutti correlata con il tessuto di isolamento e il clade. È stato anche studiato il comportamento tossigeno degli isolati di Alternaria, essendo l'acido tenuazonico (TeA) la micotossina più abbondante (0,2–20 mg/l). Gli isolati hanno anche sintetizzato le micotossine alternariolo (AOH), il suo derivato alternariolo monometil etere (AME) e altenuene (ALT), sebbene in misura minore. La produzione di AME variava significativamente tra i sei morfotipi. L'espressione di pksJ/pksH, geni biosintetici di AOH/AME, non era correlata con l'effettiva produzione di tossine, ma lo era significativamente tra i due genotipi e tra i quattro cladi. Infine, dieci isolati hanno dimostrato di esprimere i geni biosintetici della fitotossina ACTT1, e quindi di essere incluso nel patotipo Alternaria -mandarino. È stata registrata una correlazione significativa tra patogenicità sulle foglie ed espressione del gene ACTT1. Quest'ultimo dipendeva in modo significativo dall'origine geografica. La diffusa presenza di Alternaria spp. sugli agrumi e la loro capacità di produrre micotossine potrebbe rappresentare una seria preoccupazione per i produttori e consumatori.
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